O Gurupi foi fundado em 13 de junho de 1988, por dissidentes do clube Olaria de Gurupi. Seu primeiro presidente foi Orlando Matos, o qual permaneceu no cargo até março do ano seguinte, quando o comando para Antônio Carlos de Paula Silveira Melo. Já presidiram o clube André Figueiredo, Júlio Kenner, Idejair Viana, Carlos Café, Carlos Barcelos, Valnir Soares, Silvério Filho, Ezemi Nunes, Iran França e o atual Wilson de Souza Castilho (2006/2010 e a partir de março de 2011 com a renúncia de Iran França que ficou no cargo somente 90 dias)

Em sua participação na primeira edição do Campeonato Tocantinense, em 1993, terminou na sexta colocação. Em 1995, foi vice-campeão nas duas competições do futebol tocantinense: o Estadual e a Copa Tocantins. A campanha proporcionou a participação do Gurupi pela primeira vez em uma competição nacional, o Campeonato Brasileiro da Série C, quando terminou na quinquagésima colocação entre 107 clubes participantes. Na segunda fase, o Gurupi acabou sendo eliminado pelo Guará.

Em 1996, conquistou seu primeiro título estadual, após vencer o Kaburé na cobrança de penalidades por 6 a 5. No ano seguinte em 1997, o clube obteve o bicampeonato, com uns dos melhores presidente de sua história, filho da cidade, Idejair viana, desta vez batendo o Interporto na final.

Em 2003 e em 2008, foi vice-campeão tocantinense, perdendo os títulos para o Palmas e para o Tocantins. O tricampeonato foi alcançado em 2010. Na primeira partida da decisão contra o Araguaína, o Gurupi conheceu sua única derrota em toda a competição, perdendo pelo placar mínimo. Na partida de volta, porém, venceu por 3 a 1 e garantiu seu terceiro título, além da inédita participação na Copa do Brasil do ano seguinte. Na Copa do Brasil, em sua primeira participação foi eliminado pelo Paraná, ao empatar em 1 a 1 em casa e perder por 3 a 0 em Curitiba.

Em 2011, é novamente campeão do estadual, batendo o Interporto na final.

Em 2012 conquista o tricampeonato consecutivo do estadual vencendo o Tocantinópolis na final.

No começo de 2013 a equipe ameaçou desistir do campeonato estadual por falta de verba da cidade. Mesmo com a falta de verba a equipe decidiu participar do torneio.

Em 2016 a equipe venceu o Tocantins de Miracema de Virada e conquistou o 6º título. Com o título o Gurupi se tornou o maior vencedor do estado superando o Palmas.

Em 2017 o clube fez história e chegou a 3ª fase da Copa do Brasil e oitavas de final do Campeonato Brasileiro – Série D.

Conforme o ranking da CBF 2018, Gurupi é o melhor clube tocantinense. Ocupando a 100º colocação com 640 pontos.

Em 2019 desistiu de disputar o Tocantinense e a Série D sendo punido por 2 anos.

Em 2020 o time volta sendo Campeão da Segunda Divisão de 2020.

Em 2021 com uma dívida de R$ 51.329 fez péssima campanha no Tocantinense, mas não teve rebaixados.

Em 2022 a campanha foi novamente ruim ficando em nono e sendo rebaixado para a Série B.